Anh Hùng Shy xoay quanh câu chuyện diễn ra vào giữa thế kỷ 21, khi chiến tranh đã biến mất khỏi trái đất. Bỗng nhiên, một loạt những con người có sức mạnh phi thường xuất hiện tại nhiều quốc gia khác nhau, được gọi là anh hùng, và điều này đã làm thay đổi toàn bộ cuộc sống của con người. Trong một thế giới đang tìm kiếm hòa bình mới, các anh hùng từ các quốc gia khác nhau phải cùng nhau làm việc để duy trì sự ổn định. Nhưng ở Nhật Bản, người chịu trách nhiệm cho công cuộc hòa bình lại là một nữ anh hùng rụt rè và rất ngại xuất hiện trước công chúng - Shy.