Bí Mật Của Young-joo xoay quanh câu chuyện về Young-joo, người luôn giữ tình cảm đặc biệt đối với người bạn thời thơ ấu của mình là Woo-hyun. Dù đã có bạn gái, Woo-hyun vẫn coi Young-joo như một đứa trẻ. Tuy nhiên, sự xuất hiện của Na-hee không ngăn cản được quyết tâm của Young-joo khi cô quyết định chiếm lĩnh trái tim của Woo-hyun cho riêng mình. Những bí mật và xung đột tình cảm sẽ được hé lộ trong hành trình tìm kiếm hạnh phúc và sự thật của những con người này.