Cuộc hành trình trong "Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen - Mirai-hen" xoay quanh Makoto Naegi và những người bạn cùng sống sót từ Học viện Hope's Peak. Họ đã chạy trốn khỏi ngôi trường đáng sợ để gia nhập Tổ chức Tương lai, đấu tranh chống lại sự tuyệt vọng. Trên con đường tìm kiếm công lý, Naegi phải đối mặt với án phản bội khi bảo vệ một nhóm Tàn dư của sự tuyệt vọng. Đây là cuộc chiến không chỉ cho sự tồn tại mà còn cho niềm tin vào tương lai, nơi mà lòng dũng cảm và lòng trung thành được đặt lên hàng đầu.