FBI S3 là bộ phim về hoạt động nội bộ của văn phòng Cục Điều tra Liên bang Mỹ ở New York. Những đặc vụ tại đây cống hiến mọi kỹ năng, trí tuệ và công nghệ tiên tiến để giữ an toàn cho thành phố New York và nước Mỹ. Câu chuyện xoay quanh những điều tra, cuộc săn lùng tội phạm và những khám phá ly kỳ trong thế giới ngầm đầy rủi ro của FBI. Đồng hành cùng họ, khán giả sẽ được chứng kiến những trận đấu triệu tập, những bí ẩn được hé lộ và sự căng thẳng không ngừng trong từng tập phim.