Houseki no Kuni dựa trên câu chuyện về các sinh vật kết tinh được gọi là Đá quý sống trong một thế giới đã bị phá hủy bởi sáu thiên thạch. Mỗi Viên ngọc đều có một vai trò quan trọng trong việc chiến đấu chống lại Người Mặt trăng, loài tấn công họ để phá vỡ cơ thể của họ và sử dụng chúng làm đồ trang trí. Nhưng khi một Đá quý mang tên Phosphophyllite không thể thực hiện nhiệm vụ chiến đấu, cuộc sống của họ bị đảo lộn và bắt đầu khám phá ra những bí ẩn ẩn sau sự kiện bi thảm đã xảy ra.