Trên hành tinh mặt trăng, Kidou Senshi Gundam Unicorn RE:0096 xoay quanh vào năm 0096 của Thế kỷ Vũ trụ, khi một nền hòa bình mong manh bắt đầu từ đống tro tàn của xung đột. Học sinh mười sáu tuổi Banagher Links đến thăm thuộc địa không gian Công nghiệp 7 trong chuyến đi thực tế của trường. Mọi việc dường như diễn ra suôn sẻ cho đến khi một tai nạn xảy ra và cuốn anh ta vào cuộc phiêu lưu mới đầy kịch tính và bí ẩn, khiến anh phải đối mặt với những thách thức khó lường và khám phá những bí mật chưa từng được tiết lộ trước đây.