Koi wa Futago de Warikirenai xoay quanh câu chuyện về Jun Shirasaki, người sống kế bên gia đình Jinguji từ khi còn nhỏ. Với mối quan hệ thân thiết giữa hai gia đình, Jun trở nên gắn bó với cặp sinh đôi Ryumi và Naori Jinguji. Trái ngược hoàn toàn với tính cách của họ, Jun phải đối mặt với những tình huống khó xử khi lẫn vào giữa hai người chị em có tính cách hoàn toàn trái ngược nhau.