Mary to Majo no Hana kể về Mary Smith, một cô gái vụng về với mái tóc đỏ hoang dã và không thể làm bất cứ điều gì đúng. Khi chuyển đến sống với dì Charlotte, Mary cảm thấy cô đơn và buồn chán. Một ngày nọ, khi phát hiện ra một con mèo luôn thay đổi màu sắc mỗi khi nhìn thấy nó, sự tò mò của Mary trở nên tốt hơn và cô bắt đầu theo dõi nó vào khu rừng gần đó.