Mieruko-chan kể về Miko Yotsuya, một học sinh trung học bình thường đến khi cô bắt đầu thấy những con quái vật ghê rợn. Dù sợ hãi, Miko phải giả vờ không nhìn thấy chúng để tiếp tục cuộc sống hàng ngày của mình. Sự sợ hãi và căng thẳng dần trở thành một phần không thể tách rời trong cuộc sống của cô, khi cô phải đối mặt với những hiện tượng siêu nhiên khủng khiếp mà người khác không nhận biết được.