"Neppuu Kairiku Bushi Road" xoay quanh cuộc hành trình đầy mạo hiểm và nguy hiểm trong bối cảnh thế giới đang chìm trong sự tuyệt vọng sau khi bị tàn phá bởi chất độc shinobi từ một tiểu hành tinh. Câu chuyện diễn ra khi mọi người phải lẩn trốn đến Kairiku, một vùng đất từng là dưới đáy biển, để tìm kiếm hy vọng và sự sống sót.