Ngôi Nhà Có Chiếc Đồng Hồ Ma Thuật kể về cuộc phiêu lưu của cậu bé 10 tuổi Lewis Barnavelt sau khi chuyển đến New Zebedee, Michigan và sống cùng ông bác phù thủy Jonathan. Trong căn nhà cổ xưa kỳ quái, Lewis phát hiện ra một chiếc đồng hồ ma thuật có khả năng đe dọa đến sự tồn vong của Trái Đất. Với sự giúp đỡ của ông bác Jonathan và pháp sư “hàng xóm” Zimmerman, Lewis phải dũng cảm đối mặt với các thế lực tà ác và ngăn chặn ngày tận thế cho toàn thế giới.