Người Dơi và Ninja Rùa cùng nhau hợp tác để đối mặt với mối đe dọa lớn từ The Shredder, người đã kết hợp với Ra’s Al Ghul và The League Of Assassins. Khi Gotham bị xâm lược bởi những con rùa khổng lồ, Batman, Batgirl và Robin phải nhanh chóng can thiệp để ngăn chặn thảm họa này. Trên con đường của họ, họ phải đương đầu với các kẻ thù nguy hiểm như ông Freeze, Bane, Scarecrow, Two-Face, Poison Ivy và Joker. Liệu liên minh giữa Người Dơi và Ninja Rùa có thể đánh bại được kế hoạch tàn ác của các tên tội phạm trước khi quá muộn? Một cuộc chiến không chỉ yêu cầu sức mạnh về thể chất mà còn là sự thông minh và sự đoàn kết của tất cả.