Otome wa Boku ni Koishiteru: Futari no Elder The Animation tiếp tục câu chuyện về Mikado Chihaya, một học sinh trung học bị quấy rối và mất niềm tin vào đàn ông. Sau khi gặp phải những khó khăn trong cuộc sống, anh được bắt chuyển đến trường nữ sinh Seiou để bắt đầu lại từ đầu. Tại đây, Mikado sẽ phải vượt qua những thử thách mới và tìm lại niềm tin vào bản thân cũng như vào tình yêu.