Phép Màu Tình Yêu Trăm Năm kể về câu chuyện của San, một người đàn ông trung thành và kiên nhẫn, đã dành cả cuộc đời để chờ đợi người yêu đã mất của mình. Wad, người yêu đã tái sinh sau cái chết của cô một thế kỷ trước. Tuy nhiên, khi sức mạnh của viên đá ngũ sắc bắt đầu hành hạ anh vào cuối thế kỷ, San phải tìm ra cửa sổ thời gian để giải thoát cho bản thân. Định mệnh dẫn dắt anh gặp Vee, một nữ thần phù phiếm có liên hệ bí ẩn với quá khứ của anh. Sự xuất hiện của Vee khiến San hoang mang nhưng cũng đánh thức trong anh những cảm xúc từ lâu đã ngủ yên. liệu cuộc gặp gỡ này có giải phóng San khỏi lời nguyền hay là lại mang đến cho anh bi kịch không lường trước?