Trên nền bầu trời xanh ngắt của một ngày yên tĩnh và thanh bình, câu chuyện của Qualidea Code xoay quanh cuộc chiến đấu giữa loài người và những sinh vật ngoài chiều không gian được gọi là Unknown. Để bảo vệ tương lai của đất nước, tất cả trẻ em Nhật Bản đã được đông lạnh cho đến khi chiến tranh kết thúc, để tránh cho họ bị tổn thương. Họ sẽ phải đối mặt với những thử thách khó khăn để chiến đấu và giành chiến thắng trước sự hiểm họa từ Unknown. Qua hành trình gian nan này, họ sẽ phải khám phá sức mạnh tiềm ẩn bên trong mình và hiểu rõ ý nghĩa thực sự của việc hy sinh vì lợi ích cộng đồng. Qualidea Code không chỉ là một bộ anime giải trí, mà còn là câu chuyện về lòng dũng cảm và ý chí kiên cường trong cuộc sống hàng ngày.