Shin Sakura Taisen the Animation xoay quanh câu chuyện vào năm 1941, một năm sau thất bại của Sotetsu Genan. Đội trưởng Seijuurou Kamiyama của Imperial Combat Revues Flower Division ở Tokyo rời đi trong một nhiệm vụ bí mật, để lại Sakura Amamiya tạm thời nắm quyền chỉ huy. Trong một sự cố ở Châu Âu, Kamiyama gặp và nhận Klara M., một cô gái trẻ người Nga, đánh dấu sự bắt đầu cho những biến cố mới và cuộc phiêu lưu đầy kịch tính của họ.