Phim Thần Rắn Phanom bắt đầu từ một ngôi làng nhỏ gặp phải một đợt dịch bệnh lạ khiến trẻ em trong làng có vảy giống loài rắn. Tiến sĩ Benedict, một nhà nghiên cứu, quyết định tìm hiểu hiện tượng này và được hỗ trợ bởi Asia, một họa sĩ minh họa y tế. Trên đường đi, họ gặp Phumkhaobin, anh em của Pheka, một chàng trai năng động và bí ẩn. Trong quá trình khám phá, họ không ngờ rằng sự thật kinh ngạc về ngôi làng thờ rắn của người bản địa đã được hé lộ. Câu chuyện xoay quanh việc khám phá các bí ẩn và cuộc phiêu lưu của nhóm để tìm ra cách giải quyết vấn đề này và cứu vãn làng.