Thần Y Xuống Núi kể về hành trình của Li Yang, một đứa trẻ mồ côi được ba sư phụ nhận nuôi và dạy y học võ thuật ở núi Càn Long. Sau khi trưởng thành, anh được sư phụ giao nhiệm vụ xuống núi tìm vị hôn thê Su Xiaoyu. Tuy nhiên, khi gặp lại, anh phát hiện rằng vị hôn thê đã đổi tên thành Su Qingyu và số phận của họ bắt đầu bị lộn xộn. Cuộc phiêu lưu của Lý Dương tiếp tục khi anh truy tìm Tô Tiểu Ngư để đấu huyết đường, đối diện với những kẻ ác lang băm và khoe khoang y thuật trong cuộc chiến giữa lòng người và võ nghệ.