Thiếu Chủ Giỏi Chạy Trốn kể về Tokiyuki Houjou, một cậu bé tám tuổi được coi là người kế vị tiếp theo của Mạc phủ Kamakura. Dù thiếu tài năng trong mọi lĩnh vực ngoại trừ việc trốn tìm, cuộc sống của Tokiyuki bị đảo lộn khi Takauji Ashikaga tàn bạo chiếm quyền lực từ gia tộc Kamakura. Với sự giúp đỡ của một linh mục tự xưng là tiên tri, Tokiyuki đã phải chạy trốn để bảo toàn mạng sống của mình và đối diện với những thách thức mới khó lường.