Youkoso Jitsuryoku Shijou Shugi no Kyoushitsu e 2nd Season tiếp tục câu chuyện về cuộc sống của các học sinh năm nhất trên du thuyền sau Kỳ thi Đặc biệt trên Đảo. Trở lại với cuộc sống hàng ngày, họ không được nghỉ ngơi mà phải đối mặt ngay với một kỳ thi khác, đòi hỏi cả điểm lớp và điểm cá nhân. Những thách thức mới này sẽ khiến cho các học sinh phải đối diện với áp lực và tìm cách để vượt qua, từ đó phát triển và trưởng thành trong quá trình học tập và rèn luyện.